Già a nove anni muove i primi passi facendo esperienze con musicisti di fama internazionale quali Bob Mintzer, Maria Schneider, George Gruntz, Gianni Basso e molti altri.
Decisivo per la sua carriera è l’incontro, nel luglio del 2002, durante il Pescara Jazz Festival, con Wynton Marsalis che, stupito dalle sue qualità musicali, lo porta con sé nell’European tour del 2003.
Da allora, Francesco suona nei Jazz Festival, nei teatri e nei Jazz Club più importanti del mondo.
Vince diversi premi prestigiosi, tra i quali il Premio Nazionale Massimo Urbani a Urbisaglia, il premio EuroJazz a Lecco, l’International Jazz Festivals Organization Award a New York, la World Saxophone Competition a Londra, il Django d’Or a Roma, e riceve molti altri importanti riconoscimenti.
Per fare nuove esperienze musicali, va a New Orleans, dove suona con Ellis Marsalis e molti altri importanti musicisti del luogo.
Nel 2004 partecipa come ospite al Festival di Sanremo.
Nel 2005 lo Swing Journal, l’autorevole rivista giapponese di musica jazz, gli conferisce il New Star Award, premio riservato ai talenti stranieri emergenti e, subito dopo, si è affermato nel Top Jazz, referendum della rivista italiana Musica Jazz, che lo ha riconosciuto miglior nuovo talento dell’anno.
Suona con grandissimi musicisti quali: Hank Jones, Dave Brubeck, Cedar Walton, Mulgrew Miller, Jimmy Cobb, Ben Riley, Ray Drummond, Lewis Nash, James Williams, Joe Lovano, Christian McBride, George Mraz, Kenny Wheeler, Gonzalo Rubalcaba, Enrico Rava, Stefano Bollani e moltissimi altri.
Nel 2006 consegue il Diploma di laurea di I livello in Flauto Traverso presso l’Istituto Superiore di Studi Musicali V. Bellini di Catania.
Dal 2008 è Direttore Artistico del "Vittoria Jazz Festival" a Vittoria, sua città natale.
Il 19 gennaio del 2009 suona a Washington DC durante i festeggiamenti in onore del Presidente Barack Obama e del Martin Luther King Jr. day.
Il 17 luglio del 2009 Umbria Jazz lo nomina “ambasciatore della musica jazz italiana nel mondo".
Nel 2010 consegue la laurea specialistica di II livello in Jazz presso il Conservatorio Corelli di Messina e subito dopo si esibisce in Cina durante il festival “The best of Italian Jazz” in occasione dell'Expo a Shangai.
Nel 2012 arrangia “Don’t Stop”, la musica di sottofondo dello spot pubblicitario ENI Station.
Nel luglio del 2012, in occasione dei Giochi Olimpici, è invitato a esibirsi a Londra, presso la sede di Casa Italia, alla presenza dell’Ambasciatore italiano a Londra e dei vertici del CONI.
Nel settembre 2012, durante una lunga permanenza negli stati Uniti, tiene una serie di masterclasses di sassofono alla UPenn, la prestigiosa università di Filadelfia.
Nei primi del mese di giugno 2013, per volontà del Ministero degli Esteri ed espressa scelta del Console Generale di Philadelphia, in collaborazione con il Segretario di Stato Americano John Kerry, Francesco è scelto per rappresentare l’Italia per suonare nell’ambito dei festeggiamenti per l’Anno della Cultura Italiana negli Stati Uniti.

Il 20 febbraio 2014 a New York riceve dall’American Society of the Italian Legions of Merit il "Grand Award of Merit", per il contributo che Francesco ha dato, in rappresentanza dei musicisti siciliani, allo sviluppo e alla diffusione del Jazz nel mondo.

Nel Marzo 2015 viene pubblicata l'ambiziosa opera discografica denominata “3” (Alfredo Lo Faro Produzioni), costituita da tre album profondamente diversi tra loro: "La Banda", "Contemplation" e "20 Cents Per Note". Pubblicati in contemporanea, i tre dischi vedono Cafiso nelle vesti di compositore, arrangiatore ed esecutore.

Nel 2016 crea la sua propria etichetta discografica dal nome "EFLAT records".

Nel 2017 registra al Vittoria Jazz Festival il disco “We play for tips”, album che verrà pubblicato nel 2018 con la sua etichetta discografica EFLAT Records, ottenendo numerosi consensi e riconoscimenti dalla critica specializzata.
Nel 2019 entra di nuovo in studio di registrazione con la prestigiosa London Symphony Orchestra per dar vita al suo progetto “Irene of Boston - Conversation avec Corto Maltese” che viene pubblicato nel 2020.

Il 27 Dicembre 2022 il Presidente della Repubblica Sergio Mattarella gli conferisce l’onorificenza di Cavaliere dell’Ordine “Al Merito della Repubblica Italiana”.

Francesco continua a tenere concerti in tutto il mondo con svariate formazioni musicali da lui dirette.